El secuestro de Andrés Pastrana ocurrió el 18 de enero de 1988. Se dice que “Popeye”, John Jairo Velásquez Vásquez, fue el encargado de organizar el secuestro del hijo de Misael Pastrana Borrero. Andrés Pastrana trabajaba como director del noticiero Tv Hoy y fue fijado como objetivo a secuestrar por parte de Pablo Escobar, pensando en términos de presionar por el fin de la extradición en Colombia (debido a que su padre era la cabeza visible del conservatismo en Colombia en esa época).
Iniciaron los seguimientos para encontrar sus hábitos y recorridos, de tal forma que supieran los narcotraficantes sus puntos débiles. Luego Andrés se lanza como candidato a la alcaldía de Bogotá de se vuelve, por así decirlo, más apetecible como blanco de los terroristas.
John Jairo Velásquez Vásquez se presentó en la sede de campaña de Andrés Pastrana como un dirigente de la colonia antioqueña que apoyaban al candidato. Varias veces iría hasta allí para ganar confianza no solo con los vigilantes del delfín sino con los cuadros directivos de la campaña.
El día señalado en horas de la tarde (sobre las 7:30 de la noche), ingresaron a la sede 10 hombres. “¡Esto es una toma pacífica del M-19″. Armado inicialmente con una pistola 9 milímetros de marca Heckler, Popeye encañonó a Andrés Pastrana, quien se encontraba con sus jefes de finanzas, Pablo Bickenbach y Samuel Navas; luego desenfundaría una mini-uzi y le diría que su secuestro sería algo temporal y pasajero pues iba a ser enviado pronto con un mensaje. El ardid de emplear como fachada al M-19 llegaba en momentos en que, en ese momento, grupo guerrillero, andaba en conversaciones de paz.
No hubo mayores contratiempos para sacar a su objetivo de la sede de campaña, de acuerdo con las versiones que se manejan al respecto.Sobre las 8:30 Andrés Pastrana viajba en un Renault 21, hacia una finca en Sopó Cundinamarca, convencido que eran efectivamente sus captores del M-19 y pedía por tanto ver a Carlos Pizano León Gómez, a quien decía conocer personalmente. al siguiente día le informaron que estaba en poder de los Extraditables. En un helicoptero Bell Ranger blanco y con rayas azules fue remitido hasta zona rural de Antioquia.Lo habrían de custodiar Valentín Taborda y Carlos Bustamante, mientras que la comida fue encomendada a Martha Veloza, esposa de Jorge Restrepo, quien cuidadaba la final El Retiro, propiedad de Pablo Escobar.El cautiverio duró hasta el 25 de enero, mismo día que asesinaron al procurador general de la nación Carlos Mauro Hoyos en vecindades de donde se hallaba cautivo.El alcalde de El retiro, Antioquia, viendo los desmanes y derroches de Jorge Restrepo en cada desplazamiento hasta el pueblo, (15 millones de pesos recibió este señor de parte de Pablo Escobar para sostener al secuestrado), se desplazó con 6 policías hacia la finca, intrigado por la repentina fortuna del señor Restrepo, pensando que tendría, por lo menos un laboratorio de procesamiento de cocaína. De esa forma fue liberado el candidato a la alcaldía de Bogotá.
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Desde ese momento el partido conservador colombiano se opuso al tratado de extradición (lo que deseaban los narcotraficantes), contrastando con la defensa acérrima del mismo por parte del presidente Virgilio Barco Vargas.